游戏的故事大致讲述魂斗罗们刚刚把世界从机器人危机中拯救回来，又莫明其妙的遭受到了古代巨龙的袭击，而这一切的原因都因为有人开启了一个被禁止的诅咒，好在魂斗罗兄弟也得到上古之神的帮助，得到了一只类似壶一样的飞行攻击装置，开始了拯救世界之路。