有一天，当玩家醒来时，发现自己孤身一人处在一个没有人类，只有口袋妖怪的世界中，而自己也变成了口袋妖怪。为了寻找原因与恢复的办法，玩家与同伴组成救援队，接受来自其它口袋妖怪的委托，在不可思议的迷宫中展开冒险