合金弹头正式版第二部，完美复制合金弹头2！在前次大战发生的2年之后，失踪的莫丁将军带着新的部队卷土重来。在前次大战中拯救世界的“游隼”部队成员马可·罗西少校（前作为中尉）和塔尔玛·罗宾上尉（前作为少尉）为此再度出击。而这次，他们拥有了两名新伙伴：来自“游隼”的支援部队“麻雀”的女性士官笠本英里中士和菲奥·杰尔米上士。而在战斗过程中，暗藏在莫丁背后的一个更大的敌人也渐渐浮出水面……